Расследование ФСБ позволило установить, что сотрудники предприятия намеренно портили ракетные двигатели, что могло привести к падению ракеты-носителя «Протон». Стартовавшая 16 мая с Байконура ракета-носитель «Протон-М» со спутником связи «Экспресс-АМ4Р» сгорела в плотных слоях атмосферы над территорией Китая. В результате был утрачен самый мощный телекоммуникационный российский космический аппарат.
Как выяснили журналисты газеты «Известия», в апреле 2013 года при входном контроле в коллекторе для подачи воздуха двигателя второй ступени ракеты обнаружили несколько неиспользованных трубчатых алюминиевых пломб. Если бы их не заметили на контроле, ракетный двигатель РД-0210 вышел бы из строя в полёте, что привело бы к очередному падению «Протона». Но пломбы увидели при просвечивании и, чтобы их удалить, провели внеплановые работы стоимостью 194 тысячи рублей.
В ФСБ об инциденте узнали и начали расследование. Порядка 15 сотрудников предприятия тогда же были опрошены и проверены на полиграфе. Источник в МВД уверяет, что полученная информация позволила подтвердить умышленный характер действий, установить виновных. Однако имена их пока не разглашаются.
Схожий случай произошел в процессе контроля многоцелевого лабораторного модуля (МЛМ) для международной космической станции, который должен был стартовать к МКС в апреле 2014 года. Когда «готовый» модуль отправили на РКК «Энергия» в трубопроводах обнаружили посторонние предметы, до этого контролеры «Хруничева» мусора не заметили. В результате 20-тонную конструкцию вернули для доделки, а старт перенесли предположительно на 2017 год.